社會服務室成立於1956年9月，本於耶穌基督愛人精神，以關懷弱勢為己任，運用社會工作專業知能，協助病人及家屬解決社會、心理、家庭、經濟等問題，助其發揮潛能、獲取資源、強化功能而能適應社會。
除了個案服務外，也以跨團隊合作的方式，滿足病人各面向需求。如發展人工電子耳、乳癌等病友團體，或是與早期療育、燙傷等團隊合作辦理家屬座談會。並以資訊化管理的方式，將個案記錄、照會等資訊做整合，讓社工能充分掌握資訊，進行分析與改善。
近年先後成立危機家庭醫療補助基金、早期療育基金、小兒血液腫瘤醫療基金等，以協助因疾病而衍生的醫療費用、短期生活困境等費用，助病人家庭順利完成醫療。另與北市社會局合作，提供中山區低收獨居長者送餐服務，進而成立弱勢銀髮族關懷基金，並倡導院內員工捐款。

1998年申請承辦台北市政府社會局大同老人日間照顧中心，以真心關懷、細心呵護之理念，提升長者生活品質，感受尊嚴及快樂的晚年。

秉持著「哪裡有需要，就往哪裡去」的精神，本院在1982年派醫療小組到蘭嶼做長期醫療援助，首創到偏遠落後地區從事醫療傳道工作之典範；爾後陸續將醫療的角延伸到綠島、小金門、新竹尖石、北海岸的地區。 為讓偏遠地區民眾的健康得到更周詳的照顧，本院將「遠距健康管理」引進新竹後山司馬庫斯與泰崗兩部落，建立民眾健康資料、篩檢、早期診斷與治療，確實做到預防重於治療的目的。本院也是在IDS計畫中，第一個以遠距健康照顧管理，從事偏遠地區的醫療機構。

本院以健康促進的觀點，主動將觸角深入社區，擴及淡水院區週邊之六鄉鎮，整合與利用社區內外資源及組織，辦理健康議題宣導、社區整合式篩檢、轉介異常個案就診等，持續推展整合式健康醫療服務。